Dalam suatu organisasi/lembaga tentunya memiliki struktur dalam melaksanakan tugas dan fungsinya masing-masing agar terkoordinasi dengan baik. Begitu halnya dengan Madrasah Tsanawiyah  Daarul Ma’arif Natar memiliki struktur organisasi yang bertugas melaksanakan fungsinya supaya berjalan dengan baik. Adapun struktur organisasi/lembaga yang  terdapat pada Madrasah Tsanawiyah Daarul Ma’arif Natar adalah sebagai berikut: